국가 보건의료정책 결정을 위한 연구과제가 한국보건의료연구원 직원들의 몫이 된 것으로 드러났다. 대국민 공모방식을 취하고 있지만 선정은 직원들이 제안한 연구과제가 절반을 넘었다. 진행 중인 연구과제를 중단한 뒤 이름을 바꿔 다시 연구를 진행하는 사례도 적지 않았다.

국회 보건복지위원회 김기선 국회의원(새누리당. 원주갑)은 한국보건복지정보개발원 국정감사에서 대국민 연구주제 수요조사가 보건의료연구원 내부직원의 참여가 제한되지 않아 다음해 연구과제로 채택되는 주제 대부분이 내부직원이 공모한 것이라고 지적했다.

실제로 2012년 대국민 주제공모를 통해 확정된 연구과제 12건 중 9건, 2013년 6건 중 3건이 보건의료연구원 내부직원이 제안한 것이었다.

게다가 내부 조직개편이나 업무이관 등으로 인해 이미 진행된 연구 과제를 중단하고 주제나 명칭을 변경해 연구를 진행하는 등 연구과제 관리에 철저하지 못해 보건복지부 종합감사에서 연구과제 관리 부적정 지적도 받았다.

한국보건의료연구원은 보건의료기술 분야에 대한 연구를 통해 국가 보건의료정책의 합리적인 의사결정을 지원하는 역할을 하는 곳으로 주제선정의 공익성과 객관성 등을 위해 대국민, 학회, 의료기관 등으로부터 해마다 연구주제 수요조사를 실시하고 있다.

김기선 의원은 "내부직원들이 연구 주제 공모에 참여하는 것은 공모의 취지에 부합하지는 않는 것으로 보인다"고 지적하고 "연구주제의 선정에 있어 공익성과 객관성을 높여 적절한 과제가 선정되도록 노력하고 이미 진행된 연구과제를 중단함으로써 예산을 낭비하지 않도록 연구과제 선정 및 관리에 신중을 기해주길 바란다"고 당부했다.